讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的神奇宝贝当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始 了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。随着小智取得8个徽章,日本于2012年6月21日播放“Season 2”，讲述小智一行人于合众联盟开始前，前往东合众地区参加神奇宝贝世界锦标赛青少年杯为开端的故事。后来小智在合众联盟8强出局，随后于2013年1月17日开始播出第2季的新章节“Episode N”，重新诠释因311日本大地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。“Episode N”结束后，于2013年4月25日播出第2季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。
