樱小路樱是一名普通女高中生，某天，在乘公共汽车回家的途中，看见一名用蓝色火焰来焚烧别人的黑发青年隔天，樱赶到案发现场，却没有任何尸体，警方亦只当一般火灾事故处理。沮丧的她回到学校，遇见和那位黑发青年长得一模一样的转学生大神零。大神零的真实身份是.... 本作的男主角、编号为Code:reaker No.06的大神零，其能力是从身体放出蓝色火炎，把一切事物烧得连灰都不剩，当他在执行一次任务的时候，女主角樱小路樱看到大神把人用蓝色火炎活活烧死。随后大神想把樱这「证据」消除，却发现他的火炎对她不起作用，原来樱是能把各种超能力无效化的「稀有品种」，而充满正义感及热血的樱却偏要缠著大神， 于是这群超能力者与其他罪人及其他超能力者之间的战斗便不断开展。
