影片是从1937年的12月，南京城破开始尽管有大批的国民党士兵溃逃出城，但与此同时，也仍然有大量不愿意投降的士兵留了下来，在这座城市的街头巷尾展开了无望而惨烈的抵抗。其中就有国民党精锐部队一员的陆剑雄(刘烨)。在抵抗最终失败之后，在数十万中国人的鲜血染红长江后，南京全城沦为一片死地。唯一尚有生机存留的，就是位于金陵女子学院的"安全区"。在这里，大量的难民因为拉贝的"纳粹"身份而暂时获得了喘息的机会。而实际主持安全区难民工作的，则是拉贝的秘书唐先生(范伟)和归国女教师姜淑云(高圆圆)。但是，在日军的眼中，所谓"安全区"，只不过是一个囤积了大量女性资源的"仓库"。而拉贝的德国人身份，在强势的日本军队面前，也只不过是一块随时可以扯去的遮羞布。而中国的女人们，则用她们的身躯不仅仅拯救着隐藏在难民营的男人，也在拉贝面前书写了一段中国人坚强的历史。日本军人的形象塑造，是这部电影的一大突破。作为占领者的他们，当然可以享受某种意义上的正常生活。但是，在南京这座战争因素被极端放大的城市中，即使是占领者，即使面对的只是别人的屈辱和死亡，也仍然难以逃避自身的灵魂震荡甚至拷问。角川(中泉英雄)是日本十六师团的一名普通士兵。被队友称为"读过书的人"的他，敏感、涉世未深，甚至在参战之前都还没有交过女朋友。而他的同乡队长伊田(木幡龙)，则已经是一名老兵，一名职业军人。在南京城作为占领者的"生活"中，体验过种种为了维持这种"生活"而付出的人性的代价。角川最终做出了他的选择：他把两名中国幸存者送出了南京城，然后举枪自杀。
